Gadis sekolah menengah rendah Anna Sasaki (disuarakan oleh Ayara Takazuki) mempunyai perasaan sayu yang mendalam, dan dia dan ibu angkatnya Raiko (disuarakan oleh Nanako Matsushima) yang menyayanginya tidak boleh bertenang antara satu sama lain. Disebabkan masalah pernafasan secara tiba-tiba semasa sekolah, Anna menggunakan percutian musim panasnya untuk datang ke bandar indah Sapporo, Hokkaido, untuk memulihkan kesihatan di rumah saudara-maranya Kiyomasa Oiwa (disuarakan oleh Susumu Terajima) dan Mak Cik Aji (disuarakan oleh Aki Negishi) . Di anak sungai tidak jauh dari rumah bapa saudaranya, berdiri sebuah bangunan lama tetapi unik ala-ala Barat Perasaan aneh itu membuatkan Anna menyedari kewujudannya. Pada suatu malam, Anna, yang dalam suasana tertekan, mendayung bot melewati bangunan itu. Dia mendapati rumah yang tidak berpenghuni selama bertahun-tahun itu sebenarnya terang benderang, dan di sana dia bertemu dengan Marnie, seorang gadis berambut perang yang sebaya. Mura Kasumi). Mood yang sama membuatkan kedua-dua gadis itu menjadi kawan baik Mereka terikat antara satu sama lain, tetapi mereka tidak tahu apa hubungan luar biasa yang tersembunyi di dalam hati mereka... Filem ini diadaptasi daripada sastera kanak-kanak dengan nama yang sama oleh novelis British. Joan G. Robinson.